En los alrededores de Santa Ana Malacatán, Huehuetenango, lugar en el que nace, se le conoce con el nombre de Río Negro. A medida que avanza toma diferentes nombres, por ejemplo entre Sacapulas y Chamá recibe el de Chixoy y Salinas, porque en este punto recibe el agua salada del río de los Nuevos Cerros.
De sus casi 418 kilómetros de largo, aproximadamente 225 son navegables. Sus afluentes son numerosos y los recibe casi desde el inicio de su recorrido, sobre todo provenientes de las montañas vecinas. Entre sus afluentes se pueden contar los ríos Hondo, San Ramón, Blanco y Xecunabaj, procedentes de los departamentos de Totonicapán y Quiché. Su nombre se lo debe a la aldea Chixoy, lugar que atraviesa.